伊犁河流域包括西天山、伊犁河谷，境内面积6万平方公里，该流域水、土、光、热资源丰富，是跨流域调水的重要潜力区，也是中-哈跨境河流争议最大的流域。全球变化导致的极端气象水文事件加剧，使得水安全问题日益凸显。

本次科考的基本任务是：系统开展伊犁河流域境内外以水资源为核心的自然环境本底与自然资源基础调查，评估气候变化与人类活动对伊犁河-巴尔喀什湖流域生态安全的影响；开展野生种质资源保护与挖掘、跨境河流水资源利用保护，探索河谷型人地协调可持续发展模式，为流域山水林田湖草生态系统保护和绿色发展提供基础数据和科技支撑。任务包括对片区的各成果进行集成，提出水土开发、生物多样性保护和生物安全、防灾减灾等方面的对策建议。